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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
16/02/2012 |
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Data da última atualização: |
17/04/2018 |
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Autoria: |
NASCIMENTO, M.; SÁFADI, T.; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Moysés Nascimento, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística; Thelma Sáfadi, Universidade Federal de Lavras, Departamento de Ciências Exatas; Fabyano Fonseca e Silva, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística. |
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Título: |
Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 11, p. 1489-1495, nov. 2011 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Título em inglês: Application of cluster analysis of temporal gene expression data to panel data. |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change"). |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal; Tocher’s method. |
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Thesaurus Nal: |
bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/54279/1/46n11a10.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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| Registros recuperados : 4 | |
| 1. |  | BARBOZA, A. A. L.; SOUTO, E. R. de; ALMIEDA, A. M. R.; KITAJIMA, E. W. Ocorrência de um Potyvirus associado ao mosaico da açucena-gigante. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 31, n.2, p. 212, mar-abr. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 2. | | PICOLI, M. H. S.; GARCIA, A.; BARBOZA, A. A. L.; SOUTO, E. R. de; ALMEIDA, A. M. R. Complete genome sequence of bean rugose mosaic virus, genus Comovirus. Archives of Virology, v. 161, n. 6, p. 1711-1714, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 3. | | PICOLI, M. H. S.; SILVA, J. M.; SOUTO, E. R.; BARBOZA, A. A. L.; CARNELOSSI, P. R.; ALMEIDA, A. M. R.; VIDA, J. B. Um comovírus associado a plantas de rúcula. Tropical Plant Pathology, Brasília, v. 35, p. S165, ago. 2010. Suplemento, res. 05.010. Edição das palestras e resumos de trabalhos apresentados no 43 Congresso Brasileiro de Fitopatologia; do 43 Annual Meeting Of The Brazilian Phytopathology Society, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 4. | | SILVA, R. M. da; SOUTO, E. R. de; PEDROSO, J. C.; ARAKAVA, R.; ALMEIDA, A. M. R.; BARBOZA, A. A. L.; VIDA, J. B. Detection and identification of TMV infecting tomato under protected cultivation in Paraná State. Brazilian Archives of Biology and Technology, Curitiba, v. 51, n. 5, p. 903-909, Sept./Oct. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| Registros recuperados : 4 | |
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| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
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